「保良局黃永樹小學」前名「保良局陸慶濤小學下午校」，自1988年9月1日於將軍澳寶琳邨校址正式投入服務。1999年，本校幸獲當時的教育統籌局撥發全新獨立新校舍（即現址：將軍澳唐賢街2號），轉為全日制小學，並從最初的11班，逐步擴展至現時的30班。本校全體教職員均秉持校訓「愛敬勤誠」的理念，為教育下一代而提供優質教育服務，深得區內家長的信任和支持。
2000-2001學年度，教育署輔導視學處學分別探訪了七十二所全日制小學，並撰寫《「全日制小學探訪報告》，報告中，本校獲評選為「表現優異的全日制小學」。
自2010年，本校推行美國IAIE主辦的啟發潛能教育( Invitational Education )，透過5P（政策（Policy）、地方（Place）、人物（People）、計劃（Program）及過程（Process）的原則，為學生創造機會，提高幸福感。多年以來，本校先後獲頒發：
2010年：國際啟發潛能教育學校大獎
2013年：國際啟發潛能教育成就大獎(一星銀獎)
2015年：國際啟發潛能教育成就大獎(二星銀獎)
2017年：國際啟發潛能教育成就大獎(三星銀獎)
2019年：國際啟發潛能教育成就大獎(四星銀獎)
2021年：國際啟發潛能教育卓越成就金獎（最高榮譽）
2024年，本校獲辦學團體嘉許本校的辦學質素和成就，第六次頒予「傑出學校獎」。